Năm 1868, Đế quốc Nga buộc Tiểu vương quốc Bukhara chấp nhận tình trạng bảo hộ. Trong 40 năm tới, người Nga từ từ bị xói mòn ở lãnh thổ Bukhara, mặc dù không bao giờ thực sự sáp nhập thành phố Bukhara. Tuy nhiên, tiểu vương không thể ngăn chặn mọi ảnh hưởng bên ngoài, và dần dần một số thanh niên bị tổn thương của Bukhara bị cuốn hút vào Pan-Turkism, lấy cảm hứng từ người Thổ Nhĩ Kỳ trong Đế quốc Ottoman, những ý tưởng được lấy từ phong trào cải cách Jadid Hồi giáo, và Bolshevik mới chủ nghĩa cộng sản. Những hệ tư tưởng khác nhau đã kết hợp lại ở những người trẻ tuổi Bukharas(Tiếng Nga: младобухарцы, mladobukhartsy), do Faizullah Khojaev đứng đầu. Các Bukharas trẻ phải đối mặt với những trở ngại cực đoan như các tiểu vương quốc đã bị chi phối bởi bảo thủ Hồi giáo Sunni Hồi giáo. Cuộc xung đột tiếp theo đọ sức cho những người trẻ tuổi Bukharas và những người ủng hộ Bolshevik của họ chống lại những phiến quân ủng hộ thủ tướng, Basmachi, trong một cuộc xung đột kéo dài hơn một thập kỷ.

Vào tháng 3 năm 1918, các nhà hoạt động trẻ Bukhara thông báo cho những người Bolshevik rằng người Bukhara đã sẵn sàng cho cuộc cách mạng và đang chờ giải phóng khỏi tiểu vương quốc. Hồng quân hành quân đến các cửa Bukhara và yêu cầu rằng tiểu vương quốc đầu hàng thành phố cho những người trẻ tuổi Bukharas. Một nguồn tin của Nga báo cáo rằng tiểu vương quốc phản ứng bằng cách giết chết phái đoàn Bolshevik và kích động dân chúng thành một cuộc thánh chiến chống lại "những kẻ ngoại đạo" của Bolshevik. Hàng ngàn người Nga đã thiệt mạng trong các cuộc bạo loạn tôn giáo ở Bukhara và các vùng lân cận; nhiều thanh niên Bukharas bị bắt và hành quyết; các tuyến đường sắt và liên lạc chính từ Bukhara đến Chardjui và Samarkandđã bị phá hủy. Phần lớn người Bukharas không ủng hộ cuộc xâm lược và lực lượng Bolshevik rút lui đến Samarkand do Liên bang Xô viết kiểm soát bên ngoài Tiểu vương quốc Bukhara.Tuy nhiên, tiểu vương đã giành được một thời gian nghỉ tạm thời. Vào tháng 8 năm 1920, những người Bolshevik của Turkestan đã ủng hộ việc thanh lý Bukhara Emirate làm trung tâm cho các lực lượng phản cách mạng. Vào ngày 3 tháng 8 năm 1920, những người Bolshevik và những người trẻ Bukharas đã đồng ý hành động với nhau về sự hiểu biết rằng những người trẻ Bukharas sẽ gia nhập Đảng Cộng sản. Vào ngày 16 tháng 8 năm 1920, Đại hội lần thứ tư của Đảng Cộng sản Bukhara được tổ chức tại Chardjui do Bolshevik kiểm soát đã quyết định lật đổ tiểu vương quốc. Ngày 25 tháng 8 năm 1920 Bộ Chính trị của Đảng Cộng sản Boleshevik của Nga đã xác nhận các đơn đặt hàng cho Hội đồng Quân sự Cách mạng Turkestan liên quan đến "câu hỏi Bukhara". </ref>

Vào ngày 28 tháng 8 năm 1920, một đội quân của quân đội Hồng Quân được trang bị tốt và được trang bị tốt dưới quyền chỉ huy của tướng Bolshevik Mikhail Frunze đã tấn công thành phố Bukhara. Vào ngày 31 tháng 8 năm 1920, Emir Alim Khan chạy trốn đến Dushanbe ở miền Đông Bukhara (sau này ông ta trốn thoát khỏi Dushanbe tới Kabul ở Afghanistan). Vào ngày 2 tháng 9 năm 1920, sau bốn ngày chiến đấu, thành trì của tiểu vương quốc (Ark) đã bị phá hủy, lá cờ đỏ được nâng lên từ đỉnh của Kalyan Minaret. Ngày 14 tháng 9 năm 1920, Ủy ban Cách mạng Tất cả-Bukhara được thành lập, đứng đầu là A. Mukhitdinov. Chính phủ - Hội đồng Nhân dân Nazirs (Commissars) - được chủ trì bởi Faizullah Khojaev.

Cộng hòa Liên Xô nhân dân Bukhara được tuyên bố ngày 8 tháng 10 năm 1920 dưới thời Faizullah Khojaev. Trong thuật ngữ Liên Xô, nước cộng hòa là một "chế độ độc tài cách mạng dân chủ của người vô sản và nông dân ", một giai đoạn chuyển tiếp sang một nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Xô viết. Hiến pháp mới được thông qua vào tháng 9 năm 1921, trái với Hiến pháp năm 1918 của Nga, cho phép sở hữu tư nhân đất và tài sản sản xuất và trao quyền biểu quyết cho những người không phải là người vô sản (mặc dù họ hàng của tiểu vương quốc bị lật đổ, cựu quan chức tiểu vương quốc và chủ đất lớn) không thể bỏ phiếu).

Sự lật đổ của tiểu vương là động lực cho cuộc nổi dậy Basmachi, một cuộc nổi dậy chống cộng sản bảo thủ. Năm 1922, hầu hết lãnh thổ của nước cộng hòa (Đông Bukhara, gần Hisor đến Đông Pamir) bị Basmachi kiểm soát, và nó đã chiếm Hồng quân cho đến năm 1926 để triệt tiêu cuộc nổi dậy.

Trong vài năm đầu của Cách mạng Nga, Lenin dựa vào chính sách khuyến khích các cuộc cách mạng địa phương dưới sự bảo trợ của tư sản địa phương, và trong những năm đầu Bolshevik cai trị Cộng sản đã tìm kiếm sự trợ giúp của các nhà cải cách Jadid trong việc thúc đẩy xã hội triệt để và cải cách giáo dục. Chỉ hai tuần sau khi tuyên bố của Cộng hòa Nhân dân, đảng viên Cộng sản ở Bukhara đã tăng lên 14.000 khi nhiều cư dân địa phương háo hức chứng minh lòng trung thành của họ với chế độ mới. Khi Liên bang Xô Viết ổn định, nó có thể đủ khả năng thanh lọc chính mình những người được gọi là cơ hội và những người theo chủ nghĩa dân tộc tiềm năng. Một loạt các trục xuất đã tước thành viên xuống 1000 vào năm 1922.

Phần trên được phản ánh trong lá cờ của Cộng hòa Liên Xô nhân dân Bukhara, được thiết kế dựa trên nền tảng của nó, kết hợp Búa và Sickle Cộng sản với Lưỡi liềm truyền thống, đã xuất hiện trên lá cờ của Tiểu vương quốc Bukhara cũng như trong Đế quốc Ottoman và nhiều quốc gia Hồi giáo khác. Ngược lại, các lá cờ của các nước Cộng hòa Liên Xô trong đó lãnh thổ Bukhara được chia vào năm 1925, đặc trưng là Hammer và Sickle một mình, bỏ qua Lưỡi liềm.

Từ ngày 19 tháng 9 năm 1924 đến ngày 17 tháng 2 năm 1925, nước cộng hòa được gọi là Cộng hòa Liên Xô Xã hội Bukhara (Bukhara Xô viết). Khi ranh giới quốc gia mới được xây dựng vào năm 1924, Xô viết Bukhara đã tự bỏ phiếu, và trở thành một phần của Uzbekistan Xô viết mới. Hôm nay lãnh thổ của Bukhara Xô viết không còn tồn tại chủ yếu ở Uzbekistan với các bộ phận ở Tajikistan và Turkmenistan.

Khojaev, mặc dù nền Jadid của ông, trở thành Tổng thống đầu tiên của Uzbekistan Xô viết. Sau đó ông bị thanh trừng và bị hành hình vào thập niên 1930 cùng với nhiều người trí thức ở Trung Á.